上一部结尾，尼奥（基奴李维斯饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了...

一名在澳洲以农为业的的占水师康纳（罗素·克劳RussellCrowe饰）在第一次世界大战加里波利战役后前往土耳其伊斯坦堡，试图寻找他三个参战阵亡儿子的遗骸。即使一开始遭到军方的百般阻挠，他也不屈不挠，更遇到于伊斯坦堡入住旅馆女主人爱莎（欧嘉·柯瑞兰寇OlgaKurylenko饰）及一名曾与他儿子对战的土耳其军官出手协助。康纳抓住一丝希望，为查出真相，穿越饱受战火蹂躏的土地，九死一生，只为寻回儿子阵...