哲志和好朋友们因为准备文化祭而留在学校，他们七人玩起了讲鬼故事的游戏，不久老师带着哲志的妹妹来了，催他们回家。临走前，喜欢鬼故事的班长提议他们用咒符玩“幸福的幸子”，来祈祷他们七人友谊永存，永远在一起。然而当他们举行完仪式，奇怪的事情发生了，教室突然猛烈摇晃起来，一阵巨响后地面轰然坍塌，所有人都掉了进去。等他们醒来后，发现自己身处一个古旧的小学校舍里，这所废弃学校门窗紧闭，恐怖诡异。直美发现了昏迷...

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小智（松本莉香配音）来自真新镇，他的目标是要成为神奇宝贝顶级训练师。在即将展开训练师旅程的一天，因为迟到，他并没有拿到初始的小精灵。大木博士（石冢运昇配音）见状，便送了一只不愿进精灵球和非常调皮的皮卡丘给这位失落的年轻人。于是，他们俩便踏上了精灵宝可梦的旅程。在旅途中，他们的之间的隔阂逐渐打破，并认识了同行的伙伴诚子（佐藤刊里配音）与宗次（本乡奏多配音），并听到了有关凤王的传说。“受到虹色之羽的引...

小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此开始。小智与皮卡丘又将一起开始新的冒险……另一方面，在超级机关城市阿佐特王国，大臣贾维斯得到了常年追求的终极发明——500年前诞生于阿佐特王国的人造宝可梦玛机雅娜。据说在玛机雅娜体内，有被称为“魂心”...

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所谓的“除妖”，即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作。某天，被妖怪附体的高中生·芦屋花绘，依靠偶然发现的联络方式，来到了专门除妖的物怪庵，在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。由于某些缘故，芦屋就这样以物怪庵奉公人的身份开始工作……安倍与芦屋的除妖组合和妖怪们的物语就此开幕。...

位于卡洛斯地区有一座和谐宁静的地下王国——钻石王国。调皮可爱的精灵公主蒂安希（松本真理香配音）备受宠爱，然而她似乎并未拥有让维持着王国运行的神圣钻石继续产生能量的能力，为此她在长老的指点下启程前去寻找传说中的精灵哲尔尼亚斯（三田佳子配音）。因为拥有制造钻石的能力，蒂安希在路上遭到了女贼玛丽莲（足立梨花配音）、忍者盗贼莱欧特（山寺宏一配音）以及火箭队三人组的刁难，关键时刻多亏小智（松本梨香配音）出手...

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半夜醒来的神乐。揉着眼睛来到庭院。庭院里开着樱花，花瓣不时散落一地，就着月色，格外漂亮。神乐就坐了在正对着庭院的走廊下，一边纳凉一边赏花。神乐：(自言自语)晚上的庭院，仿佛随时都会发生什么似的呢……突然一只蝴蝶从神乐的眼前飞过，带着闪亮亮的鳞粉。蝴蝶精：是的哟。晚上，的确很适合讲故事呢。神乐在鳞粉的作用下，就开始困倦，眼皮也开始一开一合。耳边也隐约传来了另一个声音。食梦貘：噗，我不像你有翅膀啦，等...

100年前，沙漠之都迪塞尔市因为宝可梦之间的战斗而遭受严重破坏。那场战斗的起因是由于一只精灵宝可梦的存在。但是，这只精灵宝可梦后来被某人封印了，现在的城市也找回了曾经的平静在小智与皮卡丘一行人的旅途中，他们遇到了持有可以召唤万事万物的光轮的幻之精灵宝可梦胡帕，以及照顾它的少女麦雅丽。喜欢恶作剧的胡帕用那个不可思议的圆环取出最喜欢的甜甜圈以及各种东西让大家大吃一惊，并且乐在其中。天真无邪的胡帕称呼小...